La deuxième apportera un appui plus souple à la coopération transnationale plus large, avec une coopération généralement axée sur des thèmes spécifiques. Quelques exemples sont l'environnement, l'intégration aux réseaux d'énergie, de télécommunication et de transport, la santé publique ainsi que la lutte contre le crime organisé et la prévention de celui-ci.
Window Two will provide more flexible support for wider trans-national cooperation with cooperation mostly focussed on specific themes, e.g. the environment, integration into energy, telecommunication and transport networks, public health and the prevention of and fight against organised crime.